La EEHAR organiza actividades científicas (seminarios, encuentros, jornadas) que se integran en el contexto de las diferentes líneas de investigación desarrolladas por sus miembros.
Además, desde Roma se coordinan varios proyectos de investigación financiados por el Plan Nacional de Investigación español, el Consejo Europeo para la Ciencia (ERC) y la Comisión Europea (FP7), cuyo desarrollo se sitúa en el ámbito mediterráneo y cuyo ámbito cronológico abarca desde la Prehistoria hasta el siglo XX.
Destaca por su duración en el tiempo el Proyecto Tusculum que, desde 1994, cuenta con la participación de diferentes universidades y centros de investigación españoles e italianos. Asimismo el proyecto se desarrolla con la colaboración de la Soprintendenza per i Beni Archeologici del Lazio y el apoyo de la XI Comunità Montana “Castelli Romani e Prenestini”.
